《忒修斯的船》由三個(gè)看似互無(wú)關(guān)聯(lián)的獨(dú)立故事組成。
第一段，一個(gè)盲人少女?dāng)z影師，在盲人狀態(tài)時(shí)成功舉辦了個(gè)人影展而出名，卻在移植角膜恢復(fù)視力后找不到攝影的靈感。
第二段，抵制動(dòng)物實(shí)驗(yàn)的僧人，因?yàn)楦斡不媾R肝移植或者死亡的選擇——而移植手術(shù)本身正是基于他所反對(duì)的動(dòng)物實(shí)驗(yàn)。
第三段，原本只關(guān)心錢(qián)的青年，在自己做完腎臟移植手術(shù)后無(wú)意中知道了醫(yī)院和社會(huì)上存在的腎臟交易，以及一些“偷腎”的行為。而他也因?yàn)檫@個(gè)意外的發(fā)現(xiàn)而開(kāi)始了很多無(wú)關(guān)金錢(qián)的社會(huì)活動(dòng)。
而在本片結(jié)尾處，第三個(gè)故事的主人公受邀參加了一個(gè)特殊的影片放映會(huì)——參加者都是接受過(guò)器官移植的病人，而且他們的器官來(lái)自同一個(gè)捐獻(xiàn)者。于是我們看到了，前兩個(gè)故事里接受角膜移植的女孩和肝臟移植的僧人也出現(xiàn)在這里。他們共同看的片子，是捐獻(xiàn)者本人生前拍攝的一段巖洞探險(xiǎn)視頻，深邃的巖洞，卻如浩瀚的宇宙般神秘壯麗……
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